Repararam certamente que as palavras sobre as quais têm dúvidas começam por homo-, prefixo de origem grega que significa igual, semelhante.
O segundo elemento de cada uma delas é que é diferente: -grafas, também proveniente do grego e que significa escrita; -fonas, igualmente vinda do grego e que significa som: -nimas, da mesma origem e que significa nome.
É fácil, sabendo o significado dos elementos das palavras, chegar ao seu conceito actual.
Assim, palavras homógrafas são as que se escrevem da mesma maneira, mas têm pronúncia e significado diferentes, como fábrica (substantivo) e fabrica (verbo) ou pêlo (substantivo) e pelo (contracção da preposição por com o artigo definido o).
As homófonas têm a mesma pronúncia mas escrevem-se de modo diferente, e o seu significado é também diferente. É o caso de conselho (opinião, recomendação) e concelho (divisão administrativa, município), ou aço (metal) e asso (verbo assar).
Finalmente, as homónimas, que têm a mesma forma e o mesmo som, mas significados diferentes: rio (verbo rir) e rio (curso de água), canto (esquina, ponta) e canto (verbo cantar).
É fácil, não é? Continuem a mandar-nos perguntas, a Língua Portuguesa agradece.