O Dicionário Aurélio, brasileiro, só tem malaquita e caulinita, mas a Academia Brasileira de Letras regista para o novo Acordo Ortográfico malaquita e malaquite, caulinita e caulinite.
Em Portugal, o idóneo Houaiss regista também as duas formas em ambos os vocábulos, mas remete sempre as terminações –ita para –ite, depreendendo-se que –ite., neste caso, é preferencial.
Em suma, quer em Portugal quer no Brasil, pode no AO90 usar ambas as terminações nos dois vocábulos.
No entanto, uma análise mais profunda permite concluir que -ite é recomendada para nomes de uso comercial (ex.: grafite), explosivos (ex.: dinamite), medicina (ex.: bronquite), etc. Enquanto -ita é recomendada em gentílicos (ex.: israelita), palavras greco-latinas (ex.: eremita), etc.
Em mineralogia, está mais divulgada em Portugal a terminação –ite (ex.: antracite, grafite). Ora, quer malaquite quer caulinite são ambos vocábulos da mineralogia, logo isso justifica a preferência dada pelo Houaiss. Que seria também a minha em Portugal.
Obs. – As pessoas que se escandalizam muito com as duplas grafias consentidas pelo AO90, reparem bem neste caso. É um exemplo típico das múltiplas duplas que a nossa versátil língua nos tem oferecido sempre. Em vez de reclamarem pela indecisão em que ficam, deviam antes louvar a riqueza que lhes permite tal liberdade de escolha. Ora, era essa suprema liberdade de escolha, por cada país soberano, que estava no espírito do Preâmbulo do AO90, quando exigia um prévio Vocabulário da “Comum língua portuguesa”.