Sim, o verbo perguntar admite o emprego da preposição por, seja sozinha, seja contraída com os artigos – pelo(s)/pela(s). As alternativas que o leitor sugere não são mais correctas, elas são também possíveis.
De acordo com o Dicionário Gramatical de Verbos, de Francisco da Silva Borba, este verbo, quando com «um complemento da forma de/sobre/por + nome, e outro, destinatário, constituído por a/para + nome humano, significa procurar saber, solicitar informação.» Exemplos: «O visitante perguntou-lhe pelas benzeduras que ela sabia.» «Por que não me perguntam sobre aquele que mandou desenterrar as armas?» E podíamos incluir neste rol as frases que motivaram a questão do nosso leitor. No entanto, o leitor não pode «perguntar o Sr. João», tem de perguntar ao Sr. João, em português europeu, podendo ainda «perguntar para o Sr. João», no português do Brasil.
Já agora, fique a saber também que outras regências admite o verbo perguntar, ainda segundo a mesma obra de Francisco da Silva Borba: «Com dois complementos, um expresso por oração interrogativa direta/directa ou indireta/indirecta, ou pelo nome coisa(s), e outro, destinatário, apagável, da forma a/para + nome humano, significa indagar, interrogar.» Exemplos: «Aos rapazes perguntava o sacerdote se haviam cometido algum pecado.» «Damião perguntou ao companheiro: - O Doutor foi?» Sem complemento, significa fazer perguntas, lançar indagações. Exemplos: «Se ele sabe, por que pergunta?» «Quem pergunta quer saber.»