É certo que a preferência do português europeu (PE) é essa, contudo, no português brasileiro (PB), não é regra que assim seja, pois a preposição em é também aceitável perante substantivos (Ex.: «dificuldade na aprendizagem»).

Vejamos o que nos diz o Dicionário de Regimes Substantivos e Adjetivos, de Francisco Fernandes (sublinhado meu):

«Dificuldade – com, de, em, para:

"Com pouco mais estaria o Dr. Luís em dificuldades com fornecedores." (J. Lins do Rego, Usina, 145.); "Tomemos o presente pelo que é; já que de tantas dificuldades de apreciação se oiriça o exame do passado." (Rui, Queda do Império, I, 427.); "O ar carbonifica-se duma espessura ácida, que pelas dificuldades de o respirar propende à sonolência." (Fialho de Almeida, Os Gatos, 309.); "Animou-se, então, com pausas, numa dificuldade de dizer o que lhe custava tanto." (Afrânio Peixoto, A Esfinge, 52.); "Eu não tive dificuldade em mostrar que Felisbelo procurava apenas uma achega." (Medeiros e Albuquerque, Quando Eu Era Vivo, 165.); "Não havia, porém, nenhuma dificuldade em fazer projetos." (Luís Viana Filho, A Vida de Rui Barbosa, 150.); "Nunca encontrou dificuldade na realização de seus projetos." "Amâncio ia suportando a carga silenciosamente, certo de que não encontraria dificuldade em despejá-la, assim que a coisa lhe cheirasse mal." (Aluísio Azevedo, Casa de Pensão, 230.); "Entre os fatores de alteração de sons vem pôr-se logo à frente a imperfeição das imagens auditivas e a insuficiência ou dificuldade fisiológica para reproduzir o som ouvido." (Sousa da Silveira, Lições de Português, 67.); "Esses tabus criaram grandes dificuldades para a investigação das palavras." (João Ribeiro, Curiosidades Verbais, 122.); " Viu-se (a França) em dificuldades para ornar devidamente, depois da guerra, as cátedras da Universidade de Estrasburgo." (Ricardo Jorge, Sermões dum Leigo, 311.).»

Parece não haver um critério de selecção de preposição por parte da categoria lexical (substantivo ou verbo), nem uma uniformidade quanto ao emprego de cada uma das preposições regidas pelo substantivo dificuldade. A única regra aplicável à preposição em é o facto de ser obrigatoriamente contraída com o artigo correspondente ao substantivo com o qual forma um constituinte (a omissão do artigo gera agramaticalidade — asterisco); com de, dispensa-se o artigo:

(i)  Dificuldade em/de aprender

(ii)  Dificuldade na (em + a)/de aprendizagem

(iii) * Dificuldade em aprendizagem

Referência:

Fernandes, Francisco, 1980, Dicionário de Regimes Substantivos e Adjetivos, Porto Alegre, Editora Globo