Nessa frase, o sujeito está em posição pós-verbal, decerto porque o seu autor quis privilegiar a ação do desaparecimento, pondo-a em destaque, colocando posteriormente quem/o que desapareceu.

Se se inverter os constituintes da frase, esta ficará do seguinte modo:

«A mala da D. Lurdes desapareceu.»

Portanto, não há dúvida de que o sujeito é o sintagma nominal «a mala da D. Luísa», sendo «da D. Luísa» o complemento determinativo (sintagma preposicional) do nome («mala»).