Para interpretarmos devidamente esta expressão, precisamos de conhecer o contexto. A palavra comenda poderá estar relacionada com o verbo latino comedere, que está na origem do verbo comer.
Essa hipótese parece-nos pouco provável e, por isso, julgamos que a correcta ortografia deveria ser in commenda. Nesse caso, "in comenda" seria uma incorrecção ortográfica. Foi da forma latina commenda que derivou o vocábulo da língua portuguesa comenda, com as acepções de «benefício», «distinção», «insígnia».
Se a ortografia correcta for «in commenda», esta expressão poderá significar: «em confiança», «em recomendação», «em demonstração» ou «em benefício».