No Dicionário da Academia das Ciências de Lisboa e no Dicionário Verbo da Língua Portuguesa, ambos publicados em Portugal, as palavras graves terminadas em -n fazem o plural em -nes.

Exemplos: líquen-líquenes; e gérmen-gérmenes.

Contudo, o Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa, na versão brasileira, também acolhe os plurais em -ens: liquens e germens. Mas a versão portuguesa indica que germens é característico do Brasil.

Assim sendo, diremos que o plural de gérmen é em Portugal, pelo menos preferencialmente, gérmenes. No Brasil, recomenda-se germens.