As formas dicionarizadas têm hífen: baleia-anã e baleia-piloto (Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa). Os respectivos plurais são baleias-anãs e baleias-pilotos ou baleias-piloto (idem). Em relação a «baleia-piloto de barbatana curta», não está esta designação dicionarizada, mas, se se trata de uma subespécie, podem usar-se tantos hífenes quantos os necessários, como acontece em baleia-de-bico-de-cuvier (idem). Sendo assim, é aceitável escrever baleia-piloto-de-barbatana-curta.