A sua questão envolve dois aspectos distintos. Por um lado, a diferença de sentidos que uma palavra pode ter nos dois géneros; por outro lado, a existência de palavras homónimas.
A diferença de sentidos entre o masculino e o feminino de um nome – sobretudo quando esse nome designa actividades tradicionalmente associadas a um determinado género – é uma constante nos dicionários. Experimente ver, por exemplo, no mesmo dicionário que consultou, os sentidos das palavras cozinheiro e cozinheira e verá que não só não são equivalentes, como se pode intuir uma valorização diferente. Cozinheiro é «aquele cujo ofício é cozinhar». Pode mesmo ser «chefe de cozinha»… Cozinheira é a «mulher que se ocupa da cozinha». A palavra no feminino é, além disso, um termo utilizado em náutica. Será lícito, pelas diferenças encontradas, duvidar de que cozinheira seja o feminino de cozinheiro? Talvez seja, se nos lembrarmos de que era por causa das definições discriminatórias, segundo o seu ponto de vista, que Sofia de Mello Breyner não queria ser designada como poetisa e sim como poeta… Não é, porém, esse o caminho geral a adoptar. De outra forma teríamos de rever e recriar muitas palavras.
O caso de patrono e patrona revela marcas que podem ser encaradas como valorização social de um género em relação ao outro, associando apenas ao masculino actividades que já são, há algum tempo, desempenhadas também pelas mulheres. Aliás, nesse aspecto, as definições do dicionário que cita são mais radicais do que as que vêm no dicionário de latim-português, da Porto Editora, onde ‘patrona, ae’, feminino de ‘patronus, i’, é «protectora; advogada; defensora»…
Poderemos concluir que, quando uma palavra designa uma actividade tradicionalmente associada a um género, a definição que encontramos no dicionário é, muitas vezes, valorativa, “beneficiando” o género masculino.
O outro aspecto que a sua questão levanta prende-se com a forma como os dicionários tratam palavras homónimas ou palavras polissémicas. Consultando o Dicionário “on-line” da Língua Portuguesa in http://www.priberam.pt/dlpo/dlpo.aspx e pesquisando os sentidos de canto, podemos ver, pela estrutura da resposta, que há três substantivos masculinos (s. m.) que assim se escrevem. A cada uma destas palavras são atribuídos diferentes sentidos, que no dicionário “on-line” aparecem dispostos em linhas diferentes e que noutros dicionários, em papel, são antecedidos de um número, dentro da mesma entrada. De uma forma muito simplista, poderemos dizer que, no primeiro caso, em que o dicionário assume que são palavras diferentes, estamos perante palavras homónimas. Um dicionário em papel, se adoptar o mesmo critério, terá entradas diferentes para cada palavra. No segundo caso, as palavras são polissémicas. Ora, no caso de patrona, estamos perante não uma, mas duas palavras: uma de origem latina, outra de origem alemã. Esse facto não invalida a existência, para a palavra de origem latina – que é a que apresenta os dois géneros –, de uma diferença de sentidos, que já comentámos acima.