Nos dicionários consultados (Porto Editora, Lexilello e Verbo — Dicionário da Academia das Ciências) figura apenas a forma desactivar como significando a operação contrária a «activar» ou «cessar, suprimir ou anular a actividade de». A forma "inactivar" não se encontra, tanto quanto pudemos apurar, dicionarizada.

Existem, de resto, razões de ordem linguística que levam a considerar que a forma correcta é, de facto, desactivar, tal como atestado nos dicionários consultados.

Na verdade, o prefixo des- surge consistentemente associado a verbos significando «separação; acção contrária» (cf. Cunha e Cintra, 1991: p. 87). Assim, temos exemplos como ordenar («pôr numa dada ordem») vs. desordenar («retirar de uma dada ordem»); ligar («pôr em funcionamento») vs. desligar («parar o funcionamento»), entre muitos outros possíveis.

O prefixo in-, pelo contrário, significa simplesmente «negação» (cf. idem). Assim, temos exemplos como justo vs. injusto (= «não-justo») ou culto vs. inculto (= «não-culto»). Nesse sentido, a ser aceitável, uma forma como "inactivar" corresponderia a «não activar» e não à acção contrária de activar.

Um outro aspecto a ter em conta é que o prefixo des- surge naturalmente com verbos, enquanto o prefixo in- se restringe muito mais frequentemente à combinação com adjectivos e nomes, como os exemplos acima também ilustram, pelo que uma forma como "inactivar" seria, também deste ponto de vista, bem mais imprópria.

Fonte: CUNHA, Celso e Lindley CINTRA, Nova Gramática do Português Contemporâneo, Lisboa, ed.. Sá da Costa, 8.ª ed., 1991.

N.E. – Com as novas regras introduzida pelo Acordo Ortográfico de 1990, quanto às sequências consonânticas, o verbo ativar e demais palavras derivadas passaram a escrever-se sem o c intercalado.