A leitura do consulente está correta.

Vale dizer que o sujeito de «saíam» é «moedas». Pondo o trecho da frase na ordem direta, temos: «Isolou-se então – sem fechar todavia a sua bolsa, donde moedas saíam às cinquenta, às cem...».

Logo, a crase (preposição a + artigo as) em «às cinquenta (moedas)», «às cem (moedas)» é da mesma natureza estrutural da locução adverbial «aos montes», «aos borbotões» — também o sentido é razoavelmente semelhante ao dessas expressões.

Por regra, as locuções adverbiais de núcleo feminino iniciadas por a recebem acento grave, pelo que se justifica o acento empregado por Eça de Queirós.