Segundo o Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa, de José Pedro Machado, a palavra megálito (construção pré-histórica, feita de grandes pedras) é proparoxítona. Repare que *mégalito nunca poderia ser uma palavra da nossa língua, visto ter o acento gráfico a marcar a tónica antes da antepenúltima sílaba.
A palavra vem do francês mégalithes, e, nela, a pronúncia em português com e aberto é natural, mas a tendência da língua, com tónica da palavra na sílaba li, é fechar a vogal a: ¦mègâlíto¦ ~ [mεgɐlitu]. Assim, provavelmente, a forma "megalito" foi o resultado da leitura do termo francês com este a fechado.
Ora na língua francesa, embora com tónica na penúltima sílaba, a vogal a é aberta na palavra mégalithes. Então, é natural que, como na língua portuguesa a vogal i é sempre fechada, esse a aberto tenha forçado a tónica na antepenúltima sílaba na adaptação da palavra: megálito.
Também é natural que na adaptação à língua portuguesa tenham tido influência os vernaculistas que sabiam que o pospositivo –megalia (grande) podia vir do grego megále/os (etimologia Houaiss).
NOTA: As conclusões acima são meras conjecturas. Se algum dos nossos leitores conhecer bem a história destas duas palavras: megálito e megalito, agradecemos que nos escreva.
De qualquer forma, o termo que recomendamos por agora é megálito. Isto sem excluir que o uso soberano na comunidade linguística possa impor megalito. O mesmo se passou com termóstato, já hoje legitimamente termostato para muitos técnicos.