Em primeiro lugar, é necessário um esclarecimento sobre o que se entende por frase. A sequência «João, o discípulo a quem Jesus amava» não é uma frase completa, porque não há predicado para o sujeito da oração subordinante («João, discípulo...») da subordinada relativa «a quem Jesus amava».

Em segundo lugar, é fácil saber quem ama quem na expressão, porque «a quem» só pode marcar o objecto de amor de Jesus; como «a quem» remete para a sequência «João, discípulo», é óbvio que é João esse objecto. Note-se que «a quem» é um complemento preposicional que inclui um pronome relativo (quem) e tem valor de complemento/objecto directo. Esta construção um tanto antiquada, com a preposição a, surge (raramente) quando o complemento/objecto directo contém um substantivo com o traço [+humano]; por exemplo, numa frase como «João ama a Deus».

No entanto, no português contemporâneo, a expressão teria a forma «João, o discípulo que Jesus amava», a qual coloca bem em evidência o discípulo João. Sem construção relativa, obteríamos «Jesus amava o discípulo João». Mais uma vez se torna claro que Jesus é o sujeito, e que o discípulo João é o complemento objecto directo.