A sequência "para aonde" não está correta. Com perguntar, as formas corretas são «para onde» ou, simplesmente, aonde.
Quando perguntar é usado com construções interrogativas indiretas que envolvem o advérbio onde e fazem referência a uma deslocação com afastamento, há duas possibilidades:
(1) «O pai perguntou para onde o filho ia.»
(2) «O pai perguntou aonde o filho ia.»
Note-se que, em (2), o advérbio aonde é resultado da contração da preposição a com o advérbio interrogativo onde, indicando movimento em direção a um lugar (cf. Dicionário Houaiss). Neste caso, o verbo perguntar é compatível com o uso de aonde, sem necessidade do uso de outras preposições.
Mesmo assim, não podemos ignorar que, de facto, em contextos informais é comum ouvir frases como «O pai perguntou para aonde o filho ia», em lugar de «para onde o filho ia». Apesar de, na oralidade, ser corrente trocar onde por aonde, trata-se de uso inaceitável à luz da norma.