Inconformidade e não-conformidade são praticamente substantivos equivalentes. É natural que não encontre não-conformidade, porque um substantivo com esta estrutura não tem necessariamente de estar dicionarizado. E repare que não, na posição da palavra, é um prefixo, e não um sufixo.

Acresce ainda que o termo inconformidade já está dicionarizado e adquiriu uma certa autonomia, não sendo a simples negação de conformidade: em geral, significa «ausência de conformidade» e «falta de acordo, de entendimento; divergência, desacordo», pelo que abrange o sentido de não-conformidade; mas pode ser interpretado como  «falta de resignação, de submissão; rebeldia, resistência», ficando em relação com o adjectivo participial inconformado (cf. Dicionário Houaiss).

Em suma, terá de ter em conta os contextos em que usa as palavras em apreço. Alguns contextos permitirão o uso indiferente das duas, mas noutros há que verificar qual a mais adequada.