Ambas as frases estão corretas: 

(1) «Os temas essenciais continuam fora da mesa»;

 (2) «Os temas essenciais continuam de fora da mesa».

De facto, as frases são sinónimas e, apesar da frase (2) causar alguma estranheza, umas das aceções da locução «de fora» é «não envolvido em; sem participar; sem estar dentro». Assim, a leitura que se pode fazer da frase é que «os temas essenciais ainda continuam sem estarem envolvidos na discussão» (Dicionário Houaiss).