Esta é uma questão espinhosa. Rigorosamente, de fato, não se deveria juntar a preposição com o artigo (aqui se incluem os segmentos «faz-se referência a a auditoria ter sido...» e «por o verbo estar no infinitivo») quando segue um verbo no infinitivo, mas a junção é tão antiga e comum, que não creio que se possa marcar como erro.

Se quiser contornar o problema, pode mudar a ordem das palavras: «faz-se referência a ter sido conduzida corretamente a auditoria» ou «faz-se referência a ter-se conduzido corretamente a auditoria». Ou então se poderia optar por um verbo transitivo direto, mas não imagino qual não tendo acesso a todo o contexto.