A resposta que me ocorre dar é considerar «cortar às rodelas» a expressão que me é mais familiar. No entanto, os dicionários que consultei (Houaiss, Academia das Ciências de Lisboa) não registam as expressões em causa. Que fazer? Recorramos a dois corpora para identificar tendências.

No Corpus do Português de Mark Davies e Michael Ferreira, encontram-se duas ocorrências de «em rodelas» e nenhuma de «às rodelas»; note-se que só uma das ocorrências é que corresponde verdadeiramente ao contexto em apreço, ou seja, ao acto de cortar qualquer coisa de uma certa maneira:

«Beringelas em rodelas tão transparentes que não tinham sabor nenhum» (José Cardoso Pires, República dos Corvos, 1999).

Já no CetemPúblico, temos 55 ocorrências de «às rodelas», 11 das quais associadas ao verbo cortar; «em rodelas» surge em 30 contextos, 15 dos quais conjuntamente com cortar.

Perante estes dados, parece-me há alguma vantagem numérica de «em rodelas» sobre «às rodelas», mas nada de claramente decisivo. Recorrendo à interpretação das variantes e à apreciação da sua construção, cabe apenas dizer que no CetemPúblico há um exemplo de «cortar às rodelas» define o paradigma do que se poderia chamar o estilo de cortar, numa estrutura formada pela preposição, pelo artigo definido e um nome no plural (palitos, rodelas, quadrados):

«desde que a retiram das raízes cortam-na aos palitos, às rodelas, aos quadrados, cozem-na, fritam-na, sabe-se lá...»

Diga-se que não me parece mal que se substitua a preposição a por em e se suprima o artigo, obtendo-se «em palitos, em rodelas, em quadrados». Em conclusão: por enquanto, as duas expressões existem em variação livre (não há diferença contextual significativa) e são ambas correctas.