Todas as formas indicadas pelo consulente são possíveis e têm registos de usos.
Na construção apresentada em (1), está presente uma utilização do verbo fazer como verbo leve (ou verbo suporte):
(1) «O médico fez uma consulta.»
Em casos desta natureza, o verbo fazer é usado como uma palavra cujo significado foi esvaziado, passando a funcionar como um verbo gramaticalizado. Em construções com verbos leves, o significado do predicado (complexo) encontra-se no substantivo que se coloca à direita do verbo. Assim, a construção «fazer uma consulta ao paciente» é equivalente a «consultar o paciente»1.
Por seu turno, o verbo consultar pode ser usado tanto na ótica do médico como da do paciente. A sua significação será, todavia, diferente. Em (2), o verbo está a ser usado com o valor de «dar parecer técnico e profissional sobre um assunto, geralmente na área da saúde; dar consulta»2:
(2) «O médico consultou o doente.»
Quando surge usado na ótica do paciente, como em (3), o verbo consultar ativa valores como «recorrer a alguém, especialista em determinada área, a fim de obter parecer, informações ou orientação sobre um problema, uma questão»2:
(3) «O paciente consultou o médico.»
Refira-se, por fim, que as construções com verbos leves (como em (1)) são, frequentemente, sentidas como usos mais informais, pelo que se se pretende um uso mais formal, o recurso ao verbo consultar constitui uma boa opção.
Disponha sempre!
1. Para mais informações sobre verbo leves, cf. esta resposta.
2. Dicionário da língua portuguesa da Academia das Ciências de Lisboa.