Enquanto o funcionário é, por definição, um empregado que exerce determinadas funções, o colaborador, por seu turno, participa na realização de um trabalho, ou ajuda outras pessoas a desempenharem funções. Assim, é natural que se chame funcionários aos trabalhadores vinculados às empresas, e colaboradores àqueles que nelas realizam tarefas esporádicas. Parece-me, portanto, que a utilização de um e outro termo não deve ser aleatória. 

Pela mesma razão, a expressão funcionário público, que se encontra dicionarizada e tem um significado muito específico, não deve ser substituída por colaborador, pois não se trata de sinónimos.