Dizemos que o centímetro é a “centésima” parte do metro. Mas também dizemos “euros e cêntimos” (abreviatura de centésimo). No primeiro caso, estamos em presença de um adjetivo numeral que qualifica parte; no segundo caso, em presença de um nome. Obviamente, deve escrever-se segundos e centésimos do segundo, como euros e cêntimos.
O leitor de Ciberdúvidas interpretou mal a minha resposta em linha. Na resposta assinala-se muito claramente: que «cada uma das partes é uma décima (parte)» e que cada intervalo pode ser designado por «um» décimo (de segundo).
O consulente Fernando Pereira também não pode dizer que a resposta está errada. No seu caso, porém, a verdade é que tem razão no facto de que está incompleta, e, por isso, deu lugar a confusões.
Eu deveria ter acrescentado que uma das qualidades que se exigem na língua é a propriedade na escolha das palavras. O nosso P.de António Vieira deu-nos uma lição magistral no seu Estatuário: pois num pequeno trecho usa mais de uma dezena de verbos diferentes para os movimentos do escultor: «Ondeia-lhe os cabelos, alisa-lhe a testa, rasga-lhe os olhos, etc.» com cada verbo propriamente escolhido para a ação descrita.
Ora, no nosso caso em apreço, os termos, embora equivalentes, têm cada um a sua aplicação própria. As duas designações são equivalentes no seu significado, mas não podem ser usadas indiferentemente. E podemos sintetizar a resposta, agora com propriedade, na frase: «cada uma das centésimas partes de um segundo é o centésimo de segundo.»