A palavra que é de facto uma conjunção completiva ou integrante, o que pode parecer estranho se atentarmos na natureza adverbial de «ainda bem». Seria de esperar que a conjunção integrante que completasse o sentido de um verbo. No entanto, há expressões adverbiais que podem seleccionar uma oração completiva, como é o caso de ainda bem; por exemplo: «decerto que te viu» (nesta frase, alguns gramáticos não aprovariam o uso de que); «oxalá que vejas esse dia». Nestes dois casos, ao contrário de ainda bem (*«ainda bem te vi»), é também possível omitir a conjunção: «decerto te viu» (ou «viu-te, decerto») e «oxalá vejas esse dia».
A explicação para o uso da conjunção talvez se encontre no facto de a expressão «ainda bem» poder ser interpretada como uma frase elíptica, isto é, como uma frase em que falta um constituinte, neste caso um verbo: «é ainda bem que...» . Contudo, esta perspectiva não me parece totalmente satisfatória, porque não abrange os casos de oxalá e decerto (?«é oxalá que...», ?«é decerto que...»).