Na Nova Gramática do Português Contemporâneo, Celso Cunha e Lindley Cintra, p. 641, notam que a vírgula serve «para isolar qualquer elemento de valor meramente explicativo».

Assim, e tendo em conta que o excerto «como ovos, carne ou peixe» é um constituinte «meramente explicativo», neste caso, intimamente associado ao nome «proteína», e que poderia até ser excluído do enunciado sem prejuízo algum para a sua gramaticalidade («fruta e/ou legumes, uma proteína e um fruto ou suco de legumes»), o uso da referida vírgula no contexto enunciado pela consulente faz todo o sentido.