Pode dizer «ausente de Lisboa», parafraseável por «fora de Lisboa, e «ausente em Lisboa», equivalente a «fora de um dado lugar, porque se encontra em Lisboa».

A pergunta que é feita é extremamente pertinente, porque não encontrei atestada em dicionário a expressão «(estar) ausente em», no sentido de «(estar) fora, noutro lugar». Estou tentado a considerar «ausente em» como um ilogismo, visto que, neste uso, ausente parece significar duas coisas opostas ao mesmo tempo. Contudo, penso que se trata mais de um paradoxo criado pelas próprias possibilidades do adjectivo ausente e de pelo menos uma das palavras com ele relacionadas morfologicamente; refiro-me ao verbo ausentar-se, que permite ser usado de duas maneiras:

1) «A Francisca ausentou-se dos Estados Unidos.»

2) «A Francisca ausentou-se para o México.»

Em 1), ausentou-se significa «sair de um lugar», enquanto em 2) quer dizer «sair, indo para outro lugar».

É tendo em conta a relação entre ausentar-se e ausente que considero correcto o emprego de «ausente em»: é que, por exemplo, «estar ausente em Moçambique» é «ter-se ausentado para Moçambique», ou seja, «ter saído, indo para Moçambique».