Segundo o Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa, de José Pedro Machado:
Ontem:
Do latim ad noctem: no dia que terminou com a última noite. Começou por se fixar em Portugal, primeiro por `oonte´, depois `oontem´.
Hoje
Do latim hodie: neste dia. Já foi simplesmente `hoj´.
Parecer pessoal:
Depreende-se da etimologia a razão por que ontem não terá h, diferentemente de hoje.
