O Dicionário Houaiss indica que a entrada pego, definido como «ponto mais fundo de curso fluvial, lago etc.; poço, poção», tem é aberto. Note-se todavia que no mesmo Dicionário Houaiss se admite, em nota etimológica, a variante "pêgo", com é fechado, o que parece explicar a variação detectada pelo consulente.

Quanto à relação de pego com cego, os fenómenos fonéticos que deram origem à sequência -ego em pego são diferentes dos verificados em cego. Segundo o Dicionário Houaiss, a palavra tem origem no «lat[im] pelăgus,i, "pélago, mar alto", e este, empr[és]t[imo] gr[ego] pélagos, eos ou ous "alto-mar, um mar determinado"; fig[urativamente] "perigo", através de peego, com queda do -l- e assimilação vocálica, depois, pego é ou ê com crase; f[orma] div[er]g[ente] vulg[ar] de pélago [...]». O adjectivo e substantivo cego tem origem no latim caecus, a, um, «cego», «escuro, negro, obscuro, espesso» e (figurativamente) «obscurecido, deslumbrado» (idem), palavra em que o antigo ditongo latino ae evolui para um é breve, ĕ, e depois, no latim vulgar, para um é aberto, [ɛ].

Sendo assim, recomendo Pego, com é aberto, embora não me pareça que "pêgo" seja pronúncia  condenável.