As duas formas estão corretas e usam-se no Brasil. Em Portugal, prefere-se «a prestações», que faz parte da locução «pagar a prestações».

Os dicionários brasileiros consultados¹ registam as duas locuções, «à prestação» e «às prestações», e ainda uma terceira  «a prestação», sem acento grave (ou seja, a crase). Os dicionários elaborados em Portugal² só registam «a prestações»³.

¹ Foram consultados o Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa, o Dicionário UNESP do Português Contemporâneo e o Michaelis – Dicionário Brasileiro da Língua Portuguesa.

² Consultaram-se o Dicionário Infopédia da Língua Portuguesa, o Dicionário Priberam da Língua Portuguesa e o Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea da Academia das Ciências de Lisboa.

³ N. E. (atualização em 25/04/2020) – Com a preposição a são estas as formas que a locução tem, com o significado de «em parcelas, faseado», mas também é possível ocorrer a preposição em, conforme atesta o registo de «em prestações» nas fontes consultadas.