O verbo esquecer, que significa «deixar fugir da memória; olvidar», vem «do lat[im] *escadescere, freq[uentativo] de excadere, "cair fora"» [cf. Dicionário da Língua Portuguesa 2003 da Porto Editora].

Perdoar vem do latim tardio ‘perdonare’ (este, sim, de per- + 'donare', dar). Significa «deixar de querer mal a alguém responsável por um acto desagradável, hostil, que o prejudicou ou fez sofrer, renunciando à aplicação de um castigo ou punição; não guardar ressentimento em relação a um agravo.» O mesmo que absolver, desculpar, esquecer.
In Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea, da Academia das Ciências de Lisboa + Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa, de José Pedro Machado.