O uso de pontuação entre duas orações coordenadas é muito flexível, havendo mesmo casos, na coordenação copulativa ou aditiva, em que a pontuação é, quase sempre, proibida. Na copulativa, por exemplo, se o sujeito das orações for o mesmo, não é permitida a colocação de vírgula.

Quando é possível haver pontuação, utiliza-se a vírgula, raramente o ponto-e-vírgula.

A existência de pontuação não condiciona a conjunção, a não ser no caso da coordenação assindética, ou seja, nos casos em que vários elementos estão coordenados entre si, mas sendo a conjunção explicitada apenas no último elemento:

(1) «O João, a Maria e o José foram ao cinema.»

Nos outros casos, a conjunção deverá estar sempre registada, independentemente de se colocar pontuação ou não.

Sobre pontuação, aconselho a consulta das seguintes páginas electrónicas: Dicas de Português e Pontuação.

Em síntese, nunca se usa pontuação na coordenação copulativa, se o sujeito das duas orações for o mesmo; a conjunção só numa enumeração assindética se exclui. Caso contrário, a sua presença deve ocorrer sempre, independentemente de haver ou não pontuação expressa.