Na Mordebe, base de dados morfológica em linha, ocorrem as duas formas, hámster e hamster, tendo como plural, respectivamente hámsteres e hamsteres.
Por sua vez o Grande Dicionário da Língua Portuguesa da Porto Editora contém apenas a forma hamster. No entanto, a pronúncia que propõe contraria a grafia, uma vez que indica como tó[ô]nica a sílaba (ou sequência) hams-; ora, como a palavra termina em -r, a pronúncia característica do português obrigar-nos-ia a dizer a palavra como aguda, com a sílaba -ter como tónica. Se a palavra não é aguda, e creio que não a pronunciamos como tal, deveria ter acento gráfico a assinalar a sílaba tónica — a menos que o referido dicionário esteja a regist[r]ar um termo estrangeiro que deveria estar em itálico e que por opção editorial não está. Só assim se entende que a esta grafia corresponda tal pronúncia.
Hámster, por seu lado, pode ser grafia discutível, sobretudo se nos lembrarmos que a sequência <-mst-> é adaptada ao português mediante a inserção de um <e>, como em Amesterdão. Contudo, parece haver um precedente para se aceitar <-mst->, de acordo com as observações de Rebelo Gonçalves, no Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa; «Amesterdão, forma consignada pelo Vocabulário da A. C. L., teria a vantagem de evitar a sequência insólita ms; mas Amsterdão tem por si, não há dúvida, uso mais corrente.» O conteúdo desta pequena passagem é confirmado pelo Vocabulário da Língua Portuguesa do mesmo autor, que regist[r]a as grafias Amsterdão, Amsterdã (bras.) e Amesterdão. Curiosamente, num inesperado assomo de verbaculidade, parece que hoje prevalece no português europeu a forma Amesterdão.
Sendo assim, e porque mesmo nas ortografias mais coerentes em questões de equilíbrio entre critério fonético e critério etimológico há excepções, a forma hámster é uma grafia excepcional, mas possível, e fiel à acentuação da palavra estrangeira original.