Na avaliação da pertinência ou correcção de qualquer enunciado é sempre necessário atender ao contexto situacional e discursivo envolvente.
Assim, se o enunciado em causa for uma resposta positiva na sequência de uma ordem dada a um subordinado, o locutor diz «Sim, senhor(a)» ou «Sim, senhores(as)».
No entanto, é comum o uso de «Sim, senhor» em enunciados irónicos, e aí a expressão parece funcionar como uma expressão fixa ou lexicalizada (e não varia, portanto).