A frase correta e corrente é com a preposição a, i.e.: «Não sei se é para fazer a cirurgia às cataratas». 

Neste contexto, o verbo fazer pede a preposição a para introduzir o objetivo ou destino da ação:

(1) «Fazer às cataratas a cirurgia.»

Para compreender melhor, podemos substituir «fazer a cirurgia» por um verbo equivalente como operar. Veja-se:

(2) «Não sei se é para me operarem às cataratas.»

Esta construção afigura-se mais natural e reforça o uso correto da preposição a.

No entanto, não configura erro usar a expressão «cirurgia das cataratas», na qual a preposição de implicaria posse ou origem, ou seja, algo como «a cirurgia pertencente às cataratas». Aceitando que operação e cirurgia são sinónimos e que o segundo termo tem um funcionamento sintático ao primeiro, importa assinalar que uma consulta da secção histórica do Corpus do Português (Mark Davies) revela que, em textos do Brasil, operação tem frequentemente associada a preposição de, quando se faz referência ao órgão, a parte do corpo ou afeção sujeitos a operação: «cirurgia de coração», «cirurgia de próstata», «cirurgia de hérnia de disco», «cirurgia de catarata». Este uso parece ausente dos textos de Portugal (ibidem).