A palavra pedofilia (do «gr[ego] ped(o)- + -filia») significa «perversão que leva um indivíduo adulto a se sentir sexualmente atraído por crianças» ou «prática efetiva de atos sexuais com crianças (p. ex., estimulação genital, carícias sensuais, coito etc.)» (Dicionário Houaiss).
Por sua vez, pederastia (do «gr[ego] paiderastía,as, "pederastia"; f[orma] hist[órica] 1858 pederastía») trata-se de «prática sexual entre um homem e um rapaz mais jovem» e, por extensão de sentido, «homossexualidade masculina» (idem).
As palavras relacionam-se etimologicamente na medida em que ambas apresentam o radical ped(o)-, do grego pais, paidós, «filho, filha, criança» (cf. idem). Quanto aos segundos elementos dessas palavras, -filia e -erastia, trata-se de formas com certa afinidade semântica e relacionadas, respectivamente, com os vocábulos também gregos phílos, é, on, «amigo, querido, queredor; agradável, que agrada», e erastḗs, oû, «que ama apaixonadamente».1 Contudo, como compostos, tem histórias diferentes, porque não foram criados na mesma época: enquanto o termo pedofilia é criação de 1886, a partir de radicais gregos, atribuída ao psiquiatra Richard von Kraft-Ebing (ver artigo em inglês na Wikipédia), os termos pederastia e pederasta são formas portuguesas de palavras já usadas na Grécia antiga.
Actualmente, porém, enquanto o pedófilo «se sente sexualmente atraído por crianças [de ambos os sexos]», o pederasta tem atracção por «rapazes mais jovens», ou seja, adolescentes masculinos. Deste modo, a pedofilia é geralmente considerada uma perversão sexual, actualmente punível por lei na maioria dos países do chamado mundo ocidental, enquanto a pederastia já é mais aceitável, pelo menos perante a legislação.
1 O Dicionário Houaiss esclarece erastḗs, oû, é «[...] conexo com erastós, ê, ón, "amável, amoroso, que padece de amor", do v[erbo] gr[ego] eráō "amar, ser presa de amor", do gr[ego] érōs, ōtos, "desejo dos sentidos, amor"».