Ambas as formas são aceitáveis.
A preposição após surge muito frequentemente seguida de sintagma nominal:
(1) «Após o conflito, o país reergueu-se.»
Não obstante, após pode também introduzir uma oração infinitiva. Neste caso, quando a oração inclui um pronome átono, este pode ser colocado após o verbo (posição enclítica) ou antes do verbo (posição proclítica)1, tal como se observa nestes dois exemplos retirados do Corpus de Português, de Mark Davies:
(1) «Numa fase mais recente, e após se ter dedicado à leitura e investigação da obra de escritores portugueses e castelhanos dos séculos XVI e XVII, empreendeu uma renovação do romance pícaro, através de Vida e Obras de Dom Gibão (1987).» (João Palma-Ferreira)
(2) «Aquando da invasão dos aliados abandonou o país fugindo para Espanha mas foi aprisionado, julgado por traição e colaboracionismo e executado após ter tentado envenenar-se.» (Pierre Laval)
Assim sendo, na frase apresentada pela consulente poderemos optar por colocar o pronome antes do verbo ou depois deste:
(3) «Após se ter despedido da família, o médico dirigiu-se ao hospital.»
(4) «Após ter-se despedido da família, o médico dirigiu-se ao hospital.»
Disponha sempre!
1. cf. Martins in Raposo et al., Gramática do Português. 2013, p. 2280.