Quando têm acentos gráficos obrigatórios, os prefixos acima indicados são sempre seguidos de hífen (associados a outra palavra).
Pela pronúncia da palavras, em Portugal é sempre possível distinguir se o prefixo está ou não fundido com o elemento seguinte. Por exemplo, pré-ocupação (com hífen) tem prosódia diferente de preocupação (sem hífen). Penso que no Brasil também haverá alguma diferença. Veja, porém, a minha resposta «Novo acordo, casos especiais, prefixos re-, pre-, pro-».
O critério mais seguro para saber se o prefixo está ou não fundido é consultar um bom vocabulário, como o VOLP que vai ser publicado pela sua Academia Brasileira de Letras.
Penso que a grafia nestes casos não sofre alteração no novo AO.