A vírgula emprega-se não só para separar elementos de uma oração (por exemplo, para isolar o aposto («Ele, o ilustre professor Casinhas…») mas também para separar orações de um só período («O professor Casinhas sentou-se, abriu o livro e folheou as páginas»).

Na frase que a consulente cita, a primeira vírgula entre parêntesis não deve ser utilizada, uma vez que os termos essenciais e integrantes de uma oração ligam-se sem pausa não podendo ser separados por vírgula («O ilustre professor Casinhas era conhecido por x»). A segunda vírgula é opcional: pode ser aplicada, se considerarmos que se verifica a elipse de conhecido:

(1) «[...] conhecido não só pela sua proverbial antipatia, mas também (conhecido) pelos seus inegáveis dotes artísticos.»

Em (1), a vírgula não é obrigatória, uma vez que a locução «não só...mas também» pode ser substituída pela conjunção e, sem ser antecedida de vírgula:

(2) «[...] conhecido pela sua proverbial antipatia e conhecido pelos seus inegáveis dotes artísticos.» 

No entanto, outra interpretação é possível, quando se considera que conhecido está associado a dois complementos coordenados:

(3) «[...] conhecido não só pela sua proverbial antipatia mas também pelos seus inegáveis dotes artísticos.»

Neste caso, a substituição por e sugere que é mesmo aconselhável não usar vírgula (o asterisco indica que a vírgula é incorrecta; OK, que a ausência de vírgula é correcta):

(4) (a) * «[...] conhecido pela sua proverbial antipatia, e pelos seus inegáveis dotes artísticos.»

     (b)  OK «[...] conhecido pela sua proverbial antipatia e pelos seus inegáveis dotes artísticos.»