Ambas as palavras estão correctas. No entanto, trovejar é palavra mais culta; trovoar, de uso mais popular. Observe-se que, estilisticamente, trovejar, como a maior parte dos verbos terminados em ejar, tem sentido mais dinâmico do que trovoar. Camilo tê-la-ia preferido. A propósito, acrescente-se o que José Pedro Machado escreve no seu "Grande Dicionário da Língua Portuguesa", Algés, 1989, vol. XII, p. 274, para a forma trovejar: «No sentido próprio é verbo defectivo impessoal, pois se conjuga apenas na 3ª pessoa do singular; em muitos casos, porém, emprega-se na 3ª do plural: os céus trovejam».