A razão é etimológica. O verbo correspondente a circuncisão vai buscar a sua forma ao latim, conforme se anota no Dicionário Houaiss:
«lat. circumcīdo, is, di, sum, dĕre, "cortar ao redor, cercear, decotar, amputar, aparar, podar, circuncidar"; a mudança de conj[ugação] do lat[im] para o port[uguês] talvez tenha sido por infl[uência] do v[erbo]. dar.»
Note-se, contudo, que o verbo cisar se encontra dicionarizado nas acepções de «aparar, cortar, tasquinhar» ou, como arcaísmo, com o significado de «furtar nas compras ou pequenos negócios», o que poderia legitimar a forma "circuncisar". Mesmo assim, há que atender à história do verbo circuncidar cujo sentido se especializou, para querer dizer «praticar a circuncisão em (por motivos religiosos ou não)», a par dos sentido figurados «reprimir, conter, corrigir» e «purificar».1
De referir que circuncidar se relaciona etimologicamente com o o verbo cindir, «dividir(-se) em duas ou mais partes; afastar(-se), separar(-se)», do latim scindo, is, scicĭdi, scīssum, scindĕre, "fender, rachar", ao qual diz respeito o substantivo cisão, também do latim scissio, ōnis, "fenda, rachadura, rompimento", «do rad[ical] de scissum, sup[i]n[o] de scindĕre, "fender, romper, rachar, partir, cortar, talhar"». Esta afinidade leva a supor que a forma correta deveria ser "circuncidir" (não atestado). Porém, o Dicionário Houaiss propõe que «a mudança de conj[ugação] do lat[im]. para o port[uguês] talvez tenha sido por infl[uência] do v[erbo] dar», assinalando que o verbo espanhol correspondente tem praticamente a mesma configuração: circuncidar (atestado c. 1250).
Em suma, a alternância entre o radical verbal circuncid- e o nominal circuncis- deve-se a razões históricas. A possibilidade de formação e de uso de "circuncisar" tem sido impedida pela disponibilidade do verbo circuncidar, de uso mais consolidado. Pela mesma razão se afirma que circuncidado é forma mais correta que "circuncisado", apesar de esta ter uso.
1 Este parágrafo e o último foram alterados na sequência de um reparo feito pelo consulente António Monteiro (Santo Tirso, Portugal), a quem dirijo um agradecimento.