Não é. É historicamente uma palavra derivada por prefixação. No entanto, distingue-se nela o prefixo átono pre- que dá lugar a palavras derivadas que adquirem um sentido autónomo, diferenciado de palavras em que ocorre a forma tónica do prefixo pré-, como pré-conceito, nas quais se conservam os significados composicionais, isto é, os significados dos elementos constituintes. Com efeito, um preconceito é um pensamento ou uma atitude intolerantes, enquanto um pré-conceito é algo que preexiste ao conceito.

Cf. Quando o preconceito passa pelas nossas redes sociais