A expressão «pelo menos» é uma locução adverbial e, como tal, o uso de vírgulas é aconselhável, mas não obrigatório.

Há casos^[*^] em que a presença ou ausência de vírgulas origina uma mudança de significado da frase:

(1) «O irmão da Joana, que vive em Paris, não vem ao casamento.»

(2) «O irmão da Joana que vive em Paris não vem ao casamento.»

Há, ainda, casos em que é obrigatório o uso de vírgulas:

(3) «Os linces, que são mamíferos, estão em vias de extinção.»

[* N. E. (21/07/2020) – As frases 1, 2 e 3 ilustram aassociação de vírgulas com orações relativas, e não com locuções adverbiais. Sobre a função distintiva das vírgulas nas construções relativas, ver "O significado da vírgula em orações relativas". Sobre o uso da vírgula com locuções adverbiais, ver "Locuções e vírgulas".]