É indiferente: uma é de origem popular (simpatiquíssimo, superlativo absoluto sintético do adj. simpático) e a outra seguiu a via erudita (do latim simpathicu), simpático + íssimo = simpaticíssimo.
Rodrigo de Sá Nogueira, que também se debruçou sobre estas duas formas, nas suas "Questões de Linguagem", aconselhava no entanto o emprego de simpaticíssimo:

«Nas minhas Questões de Linguagem, I, pp. 167-168, escrevi: «A meu ver, as duas formas têm defesa, mas a primeira oferece melhores condições de aceitação. A primeira é de formação erudita, enquanto a segunda é popular; a primeira tem melhores condições de aceitação, porque se harmoniza com a formação de outros superlativos, mas a segunda é mais portuguesa. Como o povo, ou seja o maior número dos Portugueses, em vez da forma do superlativo simples, emprega geralmente a do superlativo composto, isto é, em vez de boníssimo, por ex., diz muito bom, sucede que a formação do superlativo simples é modelada em regra pelos cultos em formas eruditas. - É assim que temos amabilíssimo, amicíssimo, antiquíssimo, simpaticíssimo, ferocíssimo, dulcíssimo, crudelíssimo, fidelíssimo, parcíssimo, nobilíssimo, facílimo, celebérrimo, integérrimo, libérrimo, etc., etc., em vez de amavelzíssímo ou amavelíssimo, amiguíssimo (que o povo usa), antiguíssimo (idem), simplesíssimo, ferozíssimo, docíssimo (idem), etc. - Em resumo: aconselho o emprego de simpaticíssimo, visto que analogamente os cultos dizem amicíssimo, parcíssimo; no entanto acho que não erra quem diz simpatiquíssimo, visto que também analogamente todos dizem riquíssimo, fraquíssimo, pouquíssimo, etc., e não ricíssimo, fracíssimo, poucíssimo, etc. - Se aconselho simpaticíssímo é porque a própria forma simpático é culta. Se algum dia se popularizar, e se o gosto geral simpatizar com o superlativo simpatiquíssimo, um caminho só há que seguir: é conformar-nos com o facto consumado».»

Ora, quase 30 anos depois de esta hipótese haver sido levantada, como, de facto, o uso acabou por consagrar o menos simpático simpatiquíssimo.