Amabas as frases estão incorretas.
Estamos perante um problema de diferente estrutura sintática, i.e., o quantificador «grande parte» inclui uma preposição, mas o quantificador toda associa-se a um grupo nominal sem preposição:
(1) «Grande parte da história é ridícula»
(2) «Toda a história é ridícula»
Nas frases em questão, pretende-se combinar os dois quantificadores – «grande parte de» e toda –, mediante um construção condicional («se não...») que é equivalente a uma coordenação disjuntiva (o * indica agramaticalidade):
(3) «Grande parte, se não toda, da história é ridícula» = *Grande parte ou toda da história é ridícula»
(4) «Grande parte, se não toda, a história é ridícula» = *Grande parte ou toda a história é ridícula.
Nos exemplos acima, as estruturas de coordenação equivalentes são agramaticais, porque as propriedades sintáticas de «grande parte» e toda são diferentes: em (3), a estrutura de coordenação apresenta a preposição de, que se associa com «grande parte» mas não pode asociar-se a toda; em (4), falta a preposição que «grande parte» exige.
Assim, considerando que o que se passa com «grande parte de» e toda é análogo aos problemas levantados pela coordenação de palavras com regência diferente, importa assinalar um preceito de Evanildo Bechara: «não se dê complemento comum a termos de referência de natureza diferente» (Moderna Gramática Portuguesa, pág. 686). Por isso, o melhor é reestruturar-se a frase, trazendo a construção condicional para o final, por forma a que não fique agramatical:
(5) «Grande parte da história é ridícula, se não toda».