De facto, numa abreviatura Eng., o ponto representa todas as letras suprimidas que estão depois da última letra. Mas nem sempre é assim, não podemos aceitar que esta seja uma regra rígida: por exemplo, em n.º, o ponto só representa parte das letras suprimidas depois das primeiras.
O que se terá passado em Sr. ou Dr. é que a partir de originariamente S.^or, D.^or (com or em índice superior e o ponto a representar as letras intermédias [«Vocabulário Ortográfico» da Academia das Ciências de Lisboa, 1940]), foi adoptada uma escrita só com o r (e este descido) por simplicidade. Então, dado que não é habitual pontos entre letras nas palavras do léxico, o ponto transitou para o fim: Sr., Dr. Neste caso, o ponto representa, da mesma maneira, letras que foram suprimidas (entre a primeira e a última letra).
Isto parece um pouco arbitrário? Contrariando a lógica?
Para o tranquilizar, lembro características do signo linguístico: Não é inteiramente livre, para que possa ser entendido por toda a comunidade linguística que o utiliza; é arbitrário (não segue sempre `estritamente´ regras ou lógicas) pois depende sobretudo da escolha dessa comunidade; carreia uma substituição.
Ora, uma vez adoptados Sr., Dr., na nossa comunidade, para signos escritos abreviados, em substituição respectivamente das palavras senhor e doutor (por sua vez também signos linguísticos) não somos livres de sobranceiramente preferir, por exemplo, *Sen. ou *Dou. No entanto, as adopções feitas não deixaram de ser arbitrárias: repare-se que a abreviatura Dr. já não é conveniente para substituir doutor quando se trata de alguém com o grau académico de doutoramento (como, noutra comunidade, aos significados da palavra doutor na língua portuguesa pode estar associado um significante diferente...).

Ao seu dispor,