O Dicionário da Língua Portuguesa 2008, da Porto Editora, regista as duas formas: podómetro («do gr[ego] póus, podós, "pé" + métron, "medida"») e pedómetro («de pede- + -metro»); depois, diz que podómetro é «instrumento que serve para medir as distâncias percorridas; hodómetro; conta-passos» ou «instrumento para medir o pé dos animais», enquanto pedómetro é «aparelho para contar os passos de quem anda, ou para medir a velocidade da marcha».

O Vocabulário Ortográfico do Português, do Portal da Língua Portuguesa, também acolhe ambas as formas, com as variantes do novo Acordo Ortográfico usadas no Brasil — podômetro e pedômetro.

A versão mais recente do Dicionário Eletrônico Houaiss regista as duas formas, podômetro e pedômetro (grafia das variantes usadas no Brasil), mas diz que pedômetro é «forma a evitar, por podômetro». Igualmente, o Aulete Digital acolhe as duas grafias, mas considera pedômetro «forma não pref[erível] de podômetro».

Assim, embora os dicionários consultados acolham as duas formas, parece-me que, atendendo à etimologia da palavra, é preferível a grafia podómetro (ou podômetro, no Brasil).