Na frase que indica, temos duas orações com sujeitos distintos: o sujeito da forma verbal «quer fazer» (que é «a  Federação Brasileira dos Bancos») e o sujeito da forma «pagar» (que é «os cofres públicos»). Apesar de o sujeito da segunda oração («os cofres públicos») se encontrar no plural, não é obrigatório que o predicado respectivo concorde. É, pois, correcto dizer das duas formas:

(1) A Federação Brasileira dos Bancos quer fazer os cofres públicos pagar/pagarem a conta das perdas do Plano Bresser.

Saliente-se que, em (1), fazer, como outros verbos causativos, é usado numa construção a que os linguistas chamam «União de Orações», que se define como a combinação do verbo causativo com o verbo da oração subordinada  (verbo encaixado) para constituir um predicado complexo (ver Maria Helena Mira Mateus et alii, Gramática da Língua Portuguesa, Lisboa, Editorial Caminho, pág. 648-650). Esta característica conjuga-se com uma outra, que permite ao sujeito do verbo encaixado ser realizado como objecto directo do verbo causativo («Marcação de Caso Excepcional»; cf. idem), o que comprova mediante a sua pronominalização:

2) A Federação Brasileira dos Bancos quer fazê-los pagar a conta das perdas do Plano Bresser.

Em (2), usa-se o infinitivo impessoal (não flexionado), tal como a norma recomenda, mas é não impossível encontrar atestações de infinitivo pessoal (flexionado) mesmo em textos literários (cf. Celso Cunha e Lindley Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo, Lisboa, Edições João Sá da Costa, 1984, pág. 484/485).

Do mesmo modo se recomenda que não se flexione o verbo encaixado, se o seu sujeito estiver posposto, como em (3):

(3) A Federação Brasileira dos Bancos quer fazer pagar os cofres públicos a conta das perdas do Plano Bresser.