Só para situar esta questão, começo por esclarecer que o sistema Hepburn de transcrição do japonês foi criado pelo missionário americano J. C. Hepburn (1815-1911), que publicou em 1867 o primeiro dicionário de inglês-japonês. Quanto à hipótese levantada, ela é sugestiva, mas, sem querer rejeitá-la, porque não tenho elementos que a confirmem ou infirmem, parece-me que estudos de filologia e linguística do século XIX  já representavam as consoantes dentais palatalizadas como "ty" e "dy". Ignoro se elas reflectem alguma convenção anterior ao desenvolvimento dos estudos linguísticos em finais do século XVIII, graças à investigação sobre o indo-europeu.

É possível que o conjunto dos missionários jesuítas no Oriente (incluía falantes de castelhano) tenha recorrido ao grafema <y>, porque, tendo este tradicionalmente o valor de uma semivogal, permite figurar a articulação mais próxima dessa dental em japonês. Mas não creio que algum dos jesuítas portugueses pronunciasse ou conhecesse dentais palatalizadas na língua materna. É que a palatalização destas consoantes na variedade brasileira pode não ser contemporânea da missionação portuguesa no Japão; mas, mesmo que o seja, não tem de ser generalizada aos falares portugueses do século XVI.