Esta questão não tem um tratamento fácil, pela ambiguidade dos constituintes frásicos. No entanto, sustentamos que, nas frases citadas pelo consulente, o que, qual, quem são sujeitos. Como passamos a demonstrar:

  1. Na Moderna Gramática Portuguesa de Evanildo Bechara vem a seguinte explicação: «(...) A segunda particularidade é a possibilidade de comutação do predicativo pelo pronome invariável o, qualquer que seja o gênero e o número do núcleo do predicativo que substitui, quando o verbo é ser, estar, ficar e  parecer: O trabalho é proveitoso. → O trabalho o é. As alegrias eram passageiras. → As alegrias o eram. Janete é minha irmã → Janete o é.» (p. 351)

Assim, teríamos: 

O que são vírus? → O que o são? 

Qual é o problema? →  Qual o é?

Quem é a vítima? → Quem o é?

     Mais à frente, na p. 452, no âmbito da concordância verbal, escreve o gramático brasileiro: «(...) o  verbo ser se acomoda à flexão do predicativo, especialmente quando se acha no plural. São os seguintes os casos em que se dá esta concordância: (...) b) quando o sujeito é constituído pelos pronomes interrogativos quem, que, o que:

O que são comédias? [...]

Quem eram os convidados?»

     Desse modo, podemos concluir que vírus, o problema e a vítima são os predicativos do sujeito nas frases em análise.

    2. Na Nova Gramática do Português Contemporâneo, de Celso Cunha e Lindley Cintra, pp. 501-502, observa-se o seguinte sobre a concordância do verbo ser: 

    «1. Em alguns casos o verbo ser concorda com o predicativo. Assim:

      1º.) Nas orações começadas pelos pronomes interrogativos substantivos que? e quem?:

              – Que são seis meses? (Machado de Assis, Obra Completa)

              – Quem teriam sido os primeiros deuses? (António Sérgio, Ensaios)».

 No entanto, no Ciberdúvidas, existe uma resposta anterior sobre este assunto, que defende ser o predicativo do sujeito (aqui), e verificando-se, pois, que a classificação sintática é ambígua.