No fundo, estamos aqui a falar de nomes/substantivos.
Assim, as regras deverão ser as mesmas que enquadram a pluralização, neste caso, dos nomes/substantivos compostos.
Deste modo, de acordo, por exemplo, com Cunha e Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo, pp. 187-189, «quando os termos componentes se ligam por preposição, só o primeiro toma a forma de plural»; «geralmente ambos os elementos tomam a forma de plural quando o composto é constituído por dois substantivos, ou de um substantivo e um adjetivo».
Deste modo, teremos, por exemplo:
1. «São-bernardos» (Dicionário Priberam; Dicionário Houaiss);
2. «Serras-da-estrela»;
3. «Cães-d´água portugueses» ou «cães-de-água portugueses»;
4. «Rafeiros-alentejanos».
Convém, no entanto, precisar o seguinte: com exceção do «são-bernardo», julgo que nenhuma das outras raças elencadas pelo estimado consulente é comummente grafada com hífen, sendo que, no caso dos «rafeiros alentejanos», será ainda de notar que a nomenclatura usada parece frequentemente variar entre a já referida e «rafeiro do Alentejo».
Por outro lado, quando se opta por formulações elípticas do tipo «os cães são-bernardo», ou até «os são-bernardo», por exemplo, percebemos que o que se está realmente a dizer é «cães [da raça] são-bernardo», ou «os [cães da raça] são-bernardo».