Há uma pequena diferença nestas frases.
Se usarmos a preposição de, damos relevo à associação; se preferirmos a preposição entre, damos relevo aos componentes da associção: a Universidade Estadual e a Universidade Federal.
A preposição entre tem ainda a vantagem de evitar a repetição da preposição de.
De qualquer modo, as duas formas estão corretas.