A escolha não é aleatória, mas tem muito que ver com o conhecimento que se tem do uso dessas formas – e por isso é mesmo necessário estar em contacto com a cultura ou com comunicação social dos países de língua portuguesa.

Em Portugal, usa-se Nova Iorque e Moscovo; já quanto a Botswana e Zimbabwe, grafias com uso internacional, há formas portuguesas, Zimbábue ou Zimbabué e Botsuana, mas estas ainda não alcançaram uso generalizado. Refira-se, aliás, que o Código de Redação do português para as instituições europeias fixa como norma as formas Botsuana e Zimbabué (nomes oficiais: República do Botsuana e República do Zimbabué). No Brasil, usa-se Moscou e também se emprega Nova Iorque; além disso, existem as formas Zimbábue e Botsuana, usadas nos jornais, não sistematicamente. É de supor que, por enquanto, outros países de língua portuguesa sigam as formas usadas em Portugal, à semelhança do que ocorria com a ortografia (até 2009, o Acordo Ortográfico de 1945 vigorava em Portugal e nos países africanos lusófonos), mas não foi possível reunir dados fiáveis para esta resposta.

Em suma, o uso não é feito ao acaso a respeito de Nova Iorque e Moscovo/Moscou. Há maior oscilação com as formas Zimbabwe e Botswana: em Portugal, recorre-se muitas vezes às formas internacionais, enquanto, no Brasil, certa imprensa usa formas já adaptadas à ortografia do português. 

 N.B. – (19/11/2017) Zimbábue, com acento agudo no a, é a forma recomendada nos vocabulários mais recentes da língua portuguesa. Por exemplo, no Vocabulário Ortográfico Português (in Portal da Língua Portuguesa) e no Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa, da Academia Brasileira de Letras.